1998 – Cambia denominazione in Nuovo Calcio Trento S.r.l. 2004 – La Nuovo Trento Calcio S.r.l. Occorse attendere il 19 giugno 2007 e l’avvento alla presidenza del veronese Mario di Benedetto per addivenire (accogliendo le istanze della tifoseria) al ripristino della ragione sociale Trento Calcio e dello stemma con l’aquila di San Venceslao. L’ulteriore retrocessione in Eccellenza scatena il risentimento della tifoseria organizzata, real madrid maglia che in aperta contestazione con la dirigenza decide di disertare a oltranza lo stadio Briamasco: le presenze medie alle partite della stagione 2013-2014 si aggirano sulle 100 presenze. L’anno dopo, tornò sulla panchina Bruno Baveni ma l’avventura in Serie C2 pur non partendo sotto i migliori auspici, con il ritorno a Trento di Lutterotti e Domenicali, in attacco l’arrivo di Fabrizi, Marchetti ed Araldi, Bencardino e Castioni in difesa, si rivelò esaltante e dopo una partenza di rincorsa sulle fuggitive Ospitaletto e Virescit, il colpaccio arriva all’ultima giornata, quando sul campo della capolista Ospitaletto, gli aquilotti sbancarono con un gol di Bencardino e arrivano allo spareggio di Mantova proprio con i bresciani battendoli e ritornando dopo appena un anno in Serie C1 vincendo una partita-promozione ai rigori grazie alle parate di Mair ed al tiro finale di Lomanno.
Tornati in Serie D per la stagione 2017-2018, i gialloblù si salvano solo all’ultima giornata, dopo aver disputato un campionato altalenante tra la zona salvezza e la zona retrocessione e aver cambiato tre allenatori (Vecchiato, Filippini, Rastelli). Nel campionato 2009-2010 i gialloblù partirono con una penalità di 10 punti (poi revocata), ma vinsero il campionato e risalirono in Serie D, dove però rimasero sempre sul fondo della classifica, agguantando i play-out solo all’ultima giornata: gli spareggi però videro prevalere la Castellana di Castel Goffredo, che vinse per 0-5 al Briamasco e per 3-1 in casa. La gestione del club si fece però nuovamente deficitaria e la squadra ne vide intaccata la propria competitività: nel 2006-2007 la salvezza fu ottenuta ai play-out contro il Rivignano, ma già nella stagione 2007-2008 sopraggiunse la retrocessione nel campionato di Eccellenza, a seguito della doppia sconfitta ai play-out contro il Fanfulla, vittorioso per 2-0 a Lodi e per 1-4 al Briamasco. Durante l’estate però gli aquilotti furono ripescati, ma l’annata successiva fu del tutto analoga, maglie napoli 2025 risolvendosi con la retrocessione in Eccellenza a seguito dei play-out. Gli aquilotti riescono bensì a riorganizzarsi (la società nel mentre dismette la forma cooperativa e passa a quella di capitali, con l’intensificazione dell’impegno del patron Giacca) e a ottenere il doppio salto di categoria, vincendo in sequenza il campionato regionale di Eccellenza (terminato anzitempo nel mese di marzo a seguito dello scoppio della pandemia di COVID-19) e quindi il girone C di Serie D, permettendo così al Trento di tornare a disputare un campionato professionistico dopo 20 anni di assenza.
Dopo il primo posto ottenuto in Serie D nella stagione precedente la squadra ha dovuto affrontare i primi incontri allo Stadio Lino Turina di Salò al fine di consentire dei lavori allo Stadio Briamasco per renderlo agibile per i canoni della Serie C. Per quanto riguarda i risultati sportivi, la squadra è inizialmente capace di rimanere a metà classifica, salvo poi incappare nel girone di ritorno in una crisi di risultati che lo conduce fino in zona play-out: l’allenatore Carmine Parlato viene quindi sostituito da Lorenzo D’Anna, che infine salva i gialloblù grazie alla vittoria negli spareggi retrocessione. La stagione 2012-2013 si rivela nuovamente problematica, col Trento confinato in bassa classifica: nel tentativo di risollevarne le sorti si procede a tre cambi in panchina, esonerando Melone in favore di Gabrielli, che a sua volta deve cedere il posto all’allenatore della juniores Ivano Martini. Ad inizio del girone di ritorno la società decide ancora di cambiare guida tecnica, affidando la panchina momentaneamente all’allenatore spagnolo delle giovanili del Trento Joan Moll Moll, guiderà la squadra per 5 incontri (nel quale non vinse mai); la panchina viene poi ufficialmente affidata a Francesco Baldini mentre Moll venne riassegnato alla guida della squadra primavera del Trento.
L’anno successivo, la squadra ha concluso la stagione al quattordicesimo posto nel girone A. È stata un’annata segnata dall’ennesimo cambio di allenatore: dopo un avvio non facile è stato esonerato Lorenzo D’Anna al suo posto è stato scelto Bruno Tedino. Al termine del torneo sarà un discreto decimo posto. 1937 – Al termine della stagione il club travolto dai debiti si scioglie. Nella stagione 2011-2012 il Trento è nuovamente in Eccellenza e chiude la stagione regolare al secondo posto, con qualificazione ai playoff: in semifinale viene superata l’Aurora Travagliato, che blocca i gialloblù sullo 0-0 al Briamasco, ma viene sconfitta da costoro per 0-1 in casa; la finale, contro i liguri del Vallesturla, vede inizialmente il Trento sconfitto 2-1 all’andata a Cogorno. La seconda ipotesi è connessa al culto dei Dioscuri Castore e Polluce, molto diffuso nell’antica Neapolis e in Magna Grecia: il primo degli eroici gemelli, infatti, era, secondo il mito, un domatore di cavalli. Il Mantova si impone per 2-0 e distanzia di 9 punti la seconda a tre giornate dal termine. La sfortuna accompagnò poi il Milan nel corso di tutto il doppio confronto con il Bruges, perchè, persa per 2-0 la gara d’andata, i rossoneri conducevano nel ritorno con lo stesso punteggio a San Siro, prima di subire una rete su calcio di rigore che li estromise dalla competizione.