Copa Argentina; y en la Copa Sudamericana 2014, en la que fue superado por River Plate, que lo venció en los dos partidos de la eliminatoria: 2-1 y 3-2. En la primera ronda de esta competencia se enfrentó, por primera vez en la historia, con su clásico rival, Gimnasia, en un partido de carácter internacional, camiseta liverpool verde que Estudiantes superó tras lograr un empate y una victoria. Para la fase clasificatoria a Italia 1990, la federación salvadoreña contrató al técnico serbio Milovan Ðoric quien llegó al país en 1988. Poseedor de un carácter inflexible y creyente de la disciplina en su método, duró poco tiempo en el cargo y le sucedieron otros directores técnicos entre ellos Conrado Miranda y Kiril Dojcinovski. Tras clasificarse para los cuartos de final de la competencia al terminar en la 2.da posición de la fase regular, eliminó a Barracas Central en cuartos de final, a Boca Juniors en semifinales y, en la final del torneo, disputada el 5 de mayo de 2024, derrotó a Vélez Sarsfield, por penales, 4-3, tras empatar 1-1 (goles convertidos por Eros Mancuso y Alejo Sarco) en los 90 minutos reglamentarios y en el tiempo suplementario. Justo es reseñar que, en realidad, el Deportivo ganó su plaza de ascenso directo, puesto que eran dos las plazas de Segunda a Primera y el Deportivo quedó segundo de la fase final, pero tras la guerra el Real Oviedo solicitó un año de prórroga, al encontrarse totalmente destruido su campo de Buenavista.
A partir de 2012, el escudo reincorporó la insignia fundacional, adicionando, en la parte superior, una estrella dorada que, hasta 2015, contó con la inscripción «11» en su interior en alusión a los mencionados títulos oficiales obtenidos en el profesionalismo. Su peso equilibrado permite una movilidad óptima sin sacrificar la comodidad, lo que resulta fundamental para que el usuario pueda desempeñarse en su actividad deportiva con total libertad y sin restricciones. La única modificación que tuvo la camiseta titular de Estudiantes se habría producido durante la era amateur, en el campeonato de ascenso de 1908, cuando pudo haber utilizado un modelo rojo con una franja blanca sobre el pecho, debido a un pedido de la AFA por su similitud con la de Alumni. Volviendo al torneo local el equipo llegaba a la última fecha igualado en puntos con Carlos A. Mannucci y UTC, obligados a ganar; el 2 de noviembre del 2024 finalmente se da su tercer descenso a Liga 2, luego de caer 1-3 frente a Atlético Grau, culminando en la penúltima posición y terminando una penosa campaña que tuvo a Guillermo Salas como entrenador. Alumni Athletic Club, el que fuera el equipo del fútbol argentino más destacado de la primera década del siglo XX.
En la temporada 2016/17, además de disputar el Campeonato de Primera División, repetir el 3.er puesto del torneo previo y clasificarse para la Copa Libertadores 2018, volvió a participar de las dos competiciones anuales que organiza la Conmebol: Copa Sudamericana 2016 y Copa Libertadores 2017. En esta última, se produjo el segundo regreso al fútbol profesional de Juan Sebastián Verón, en la inédita doble función, para la historia del club, de presidente de la institución y jugador profesional. Disímiles entre sí, Estudiantes utilizó diversos escudos como insignia oficial, algunos de los cuales fueron incorporados en su camiseta de fútbol en distintos períodos de su historia: el fundacional, con la indumentaria roja y blanca a rayas verticales como referencia principal y la incorporación del primer nombre de la institución (Club Atlético «Estudiantes»); el actual y más tradicional, en sus primeras décadas con la inscripción del acrónimo de sus siglas fundacionales («CAE») y luego con sus denominaciones más actuales: «CELP» (Club Estudiantes de La Plata) y «EdeLP» (Estudiantes de La Plata); el diseñado en 1988 al cumplirse 20 años del máximo logro del club, la Copa Intercontinental, que introdujo la imagen de ese trofeo obtenido ante Manchester United de Inglaterra; y el banderín, que volvió a lucir en el campeonato 1987/88 y entre 1994 y 2011. En 1999, este sería modificado por la firma Olan para incorporar en la indumentaria del equipo de fútbol, en el centro, el dibujo de la mascota oficial del club, el león, en blanco y negro.
Tras disputar la final de la Copa Sudamericana, el equipo reafirmó al año siguiente la exitosa campaña a nivel internacional en el principal torneo continental de clubes y se consagró campeón de la Copa Libertadores por cuarta vez en su historia. 2006 (Mariano Andújar, Angeleri, Agustín Alayes, Braña, Diego Galván, Juan Sebastián Verón, Leandro Benítez y Calderón), Estudiantes cosechó una serie favorable de victorias en el torneo local y en la Copa Sudamericana, que disputaba por tercera vez en su historia (con los antecedentes de 2005 y 2007) y en la que llegaría hasta la final. Tras las aceptables participaciones en los torneos oficiales de las temporadas 2021 y 2022, bajo la dirección técnica de Ricardo Zielinski, lo más destacado llegaría el 13 de diciembre de 2023. Con Eduardo Domínguez como entrenador, Estudiantes volvió a consagrase campeón de una competencia oficial de fútbol tras 13 años. Esto también ha convertido al club español en su peor verdugo los últimos 5 años de esta competición, al eliminarlo por tercera ocasión del torneo continental. Mariano Mangano fue quien más años consecutivos ocupó el cargo de presidente del club (Ignacio Ercoli lo presidió doce temporadas, pero en dos etapas diferentes), entre 1960 y 1970. Bajo su mandato la institución logró los títulos más importantes de su historia: la Copa Intercontinental; el tricampeonato 1968-69-70 de la Copa Libertadores de América; la Copa Interamericana; y su primer torneo nacional oficial, el Metropolitano 1967. Además fue el artífice de la construcción del Country Club de City Bell, el predio deportivo que el club posee desde la década de 1960 en las afueras de La Plata.
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