Canestro e tiro libero. La prima impresa si compie nella decisiva finale-scudetto contro gli eterni rivali della Fortitudo: a una ventina di secondi dalla fine, con la Fortitudo sopra di 4, Danilović mette a segno un tiro da tre punti e al contempo subisce un fallo da Dominique Wilkins; il serbo centra il tiro libero aggiuntivo e pareggia i conti spianando la strada al supplementare terminato con il trionfo bianconero. La partecipazione alla Fiba EuroCup, la prima competizione europea a cui la Virtus prende parte dopo l’ULEB Cup del 2003-2004 quando partecipò sponsorizzata WWF Italia, è terminata con l’accesso alle FinalFour di Girona e la conquista della terza piazza, sconfitta a sorpresa dagli ucraini dell’Azovmash Mariupol’ in semifinale ma vittoriosa contro l’Estudiantes nello spareggio per il 3º-4º posto. Sebbene la Virtus sia campione d’Europa uscente, all’inizio della stagione 2001-2002 il presidente Madrigali pensa di rafforzarla ulteriormente con l’ingaggio milionario (quinquennale da 7 milioni di dollari) dello sloveno Sani Bečirovič ma nel corso dell’anno, nonostante la conquista della Coppa Italia vinta in finale sulla Montepaschi Siena, l’apparente solidità societaria viene minata da risultati negativi che mettono in crisi, agli occhi del presidente Madrigali, le posizioni dell’allenatore Ettore Messina e del vicepresidente e general manager Roberto Brunamonti.
Il fallimento societario della Virtus viene scongiurato dall’intervento dell’imprenditore Claudio Sabatini (già organizzatore del Futurshow), che transa tutti i debiti della società, ottiene le liberatorie dei creditori e rileva la società da Madrigali a pochi giorni dall’udienza innanzi al Giudice fallimentare. Alla Virtus si affermano grandi giocatori italiani: Alessandro Abbio, Augusto Binelli, Flavio Carera, Claudio Coldebella, Riccardo Morandotti, Paolo Moretti. Sempre nello stesso anno, il club, sotto la guida di Claudio Sabatini, ha lanciato un proprio canale, il Virtus Channel, che ha già cominciato a trasmettere eventi in diretta nonché partite del passato; è l’unico canale sportivo monotematico dedicato ad una squadra di pallacanestro in Italia, visibile senza abbonamento sul digitale terrestre, frutto della collaborazione con l’emittente locale È TV, già canale ufficiale della Virtus Bologna. Sasha Predrag Danilović, re delle Vu Nere imperiali degli anni 1990, lascia la squadra e la pallacanestro all’inizio della stagione 2000-01, annunciando il ritiro dall’attività agonistica. La Virtus, sponsorizzata «Caffè Maxim», conclude la stagione regolare in seconda posizione, dietro all’Upea Capo d’Orlando e si vede costretta ad affrontare i playoff. Nel gennaio 2006 la Virtus Bologna Pallacanestro acquista lo sponsor Caffè Maxim, e giunge all’accordo con la ditta di occhiali VidiVici, per la sponsorizzazione fino a fine stagione.
Tutto precipita il 4 agosto 2003, giorno in cui il Consiglio Federale della Federazione Italiana Pallacanestro decreta la radiazione della Virtus e la sua esclusione da tutti i campionati nazionali per la stagione 2003-04: la posizione di Sani Bečirovič rimaneva infatti insoluta. Tuttavia durante l’estate 2004 ottiene la riaffiliazione alla FIP e il diritto di utilizzare la denominazione Virtus Pallacanestro. Trascinata da alcuni giocatori di livello superiore come Mario Boni e Samuele Podestà ed in netta crescita atletica, come Corey Brewer e Bennett Davison, la Virtus ottiene la promozione battendo per 3-0 in finale la Premiata Montegranaro il 3 giugno 2005, rientrando così nel massimo campionato dopo due stagioni. Tornate ai vertici in Italia, le Vu nere tentarono la scalata all’Europa, che sfumò di un soffio, con la finale di Coppa dei Campioni del 1981 persa di un solo punto a Strasburgo contro il Maccabi Tel Aviv. La decisione viene fieramente avversata dal pubblico virtussino, la cui pacifica invasione di campo, che ritarda l’inizio del match di campionato contro la Telit Trieste, maglie calcio real madrid induce Madrigali a reintegrare l’allenatore. A fine stagione il presidente Madrigali allontana definitivamente Brunamonti (diretto alla Virtus Roma) e Messina (Treviso) ed affida la guida tecnica al general manager Gianfranco Lombardi ed all’allenatore Bogdan Tanjević, i quali tentano un improbabile e radicale rifondazione della squadra.
Nella stagione 2004-2005, Sabatini affida la guida tecnica a Giordano Consolini, storico vice allenatore di Ettore Messina e per questo amato e stimato dal pubblico virtussino. La Juve riflette sulla propria corsia mancina: Alex Sandro può essere ceduto, ha mercato e un buon valore dopo il recente rinnovo, mentre le trattative per ingaggiare Marcelo hanno subito una netta frenata da parte del brasiliano dopo il ritorno di Zidane al Real Madrid. Il decimo tricolore, insieme a tre Coppe Italia ed una Coppa delle Coppe, costituì il principale trofeo del decennio, che si concluse comunque con il passaggio sotto le Due Torri di Micheal Ray Richardson, giocatore dal talento immenso, già All Star negli USA, giunto in Italia ancora nel pieno della sua parabola agonistica, protagonista della serie finale di Coppa delle Coppe nel 1989 conclusasi con la vittoria in Finale a Firenze contro il Real Madrid. Poco tempo prima, al Palau Sant Jordi di Barcellona, la Virtus (guidata da un grande Zoran Savić) aveva conquistato la sua prima Eurolega, superando in finale i greci dell’AEK Atene (58-44), dopo aver battuto in semifinale il Partizan Belgrado. La FuturVirtus nel 2003-04 non raggiunge l’obiettivo promozione, sconfitta per 3-0 nella serie finale dei playoff dall’Aurora Jesi.